文献管理

mendely停止移动端服务之后发生的事情

软件选择

2021.3.15号mendely停止服务,其实我在一段时间之前就注意到这个事情了。但是今天晚上睡前拿出Ipad打开mendeley一看,打不开,哦,这才发现要处理这个问题了。

我对文献管理软件的要求是:

  1. 能适配word,并且自动更改引用格式。

其实这一条就应该去掉Mendeley了,他的格式识别很有问题,并且这个东西经常在Mac的Word上卡顿;除此之外,Word对公式和图片的支持也不是很好,所以最好他能导出Biblitex或者直接支持Latex。

  1. 不要让我操太多心,付费可以。

这条去掉zotero和Marginote。

其实我非常羡慕Marginote的那个脑图,很符合人脑的思维模式。我现在脑子里就有更新之前的几篇AB的想法,但是直接更新的话长年累月就变成了粪坑,开新的话就搞得太多了写论文的时候也很难找。最直接的做AB的办法就是直接在文献管理软件里直接Annotate。

但是Marginote就太小作坊了,很容易出问题,zotero则跟python一样要搞各种插件,算了算了累了累了。

  1. 全平台同步

其实文件同步很容易,重要的是Annotation的同步,这条直接去掉Marginote。

  1. 插入文献搜索的时候能搜索到我的Annotation。。

这条好像真的挺难的。

  1. 能自动提取文献相关信息

查了好多测评,papers似乎是准确率最高的那个

这么查来查去,好像就剩下Papers能用了。好在他还有个三十天付费,先试试吧。

对了,Mendeley转到其他平台的话,还要记得先降级,真的是垃圾软件。果然世界上没有免费的午餐。而且我这么一转的话之前做的好多标记也都没了。还好我读的文献也不多,而且很多我觉得重要的文献要么打印要么做了AB。

猛然发现自己做AB的Flag已经倒了好久了,哎,自己最近状态确实不好,最近两个月大概。

Papers 试用

自己大概一共有一千多篇文献,导入速度还是挺快的,尤其好评的是如果自己用的是Mendeley导出的带Annotation版本的文献,那么导入到Papers里面也会有。而且文献识别非常准确

唯一麻烦的地方就是因为这个东西全程联网,并不是调用本地的papers软件来插入,而是利用你帐号的数据库,在用Word插入的时候非常慢,而且不能通过搜索Annotation来进行插入,并且还不能离线。

这好像已经不是唯一的麻烦了hhhh,特别是只能在线这一条,真的就很烦。

那这样和我用Latex写有啥区别,速度还快。

别骂了别骂了,已经在安装Latex了。大概是这个https://humanlee1011.github.io/2019/02/25/MacTex/

所以我最后大概可能的流程是

Mendeley 读论文。

Onedrive/papership同步。

导出Bibtex。

VScode写论文

笔记软件

在实验室不想干活的下午收拾笔记应用。

对我而言,onenote已经完全沦为我的日记软件了,上面有着我从本科开始的所有日记(几乎)

另外一部分在手机便签上,但是这种便签最大的不方便的地方就是你换了手机就很难同步。

这次找笔记应用主要是为了以下几个方面

  1. 看论文。方便我写Annotation,最好能导出Markdown,这样我可以直接发到博客里面。
  2. 支持多端同步,这样我在手机上想起来论文的时候也可以查一下,正好也可以替代本地的便签。
  3. 支持全局搜索和双向链接,这是因为看了notion和marginote非常眼馋。

最后决定用了思源笔记,别的不说,就发布在github上面的这个调性就非常对我胃口。

反正免费版看起来就很不错了。先试试吧。

不过说真的 上手难度真的有点高

被迫转移到zotero

前几天发生了一件让我大无语的事,某天打开mendeley的时候所有论文都变成这样的了image-00030528150841441

这意味着这些论文都不在本地了。而我去检查了一下我放参考文献的那几个文件夹,一点事都没有。

被迫转到zotero了。

Papers必须在线使用这一点真的太烦人了,如果不介意这个用Papers还是很舒服的。

mendely转移到zoetero的步骤

1.下载好mendely里面的文献

因为我的文献都被搞出本地了,所以我必须得先把它们下回来,参照这个的方法,先装好对应版本的mendely,再去全选,点Edit settings,把那个同步所有文件Synchronize attached files都给选上。

2.导出

看了一圈感觉还真的没一个能打的,侧面反映了搞科研的都是穷鬼,所以我还是得用zotero。为了导出我之前做的注解和标记,在这一步需要把他降级到1.19.4或者更以前的。在这个版本之后的mendely会把你的注解和标记以另外的格式存储,而不是放在pdf里面。

弄完了之后全选,然后选那个export with annotation。

3.导入

我跟的的这个方法,虽然我也不是很懂RIS到底是啥

6.17完全导入方法

终于搞定了就zotero的完全导入。

首先把你库里的东西全都同步到账户上,然后卸载,安装1.17或者更以前版本的mendely,接着登陆你的账号把库里的东西同步下来,然后在help里backup一次,最后打开zotero, import里面import from mendely。

这个可以保持你在mendely里的所有东西,包括subfolder啥的之类的

Zotero 插件

所有的插件基本都能在这里找到

Zotfile

下完之后打开tools-add on,小齿轮install add on from files,选择下好那个就行了。

然后tool那里选择zotfile设置一下,最后全选然后右键manage attachment选rename即可

zotero storage scanner

跟上面一样的安装方法,安装完之后去tool那里选一下storage scanner就会自动运行

Zotero Scholar Citations (ZSC)

跟上面一样,装完点一下就行

自己后来又装了几个,不太需要进行特别的设置,我截个图吧。

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榛子分享会

安利一下榛子的自习室

让我来试着做个课代表

来晚了呜呜呜

榛子计算机功底好好,但是感觉她有点暴躁怎么回事。

查文献

这里榛子在疯狂推荐Research Rrabbi

u1s1我也觉得这个非常好用

然后还推荐了一下Aminer,我用了一下这个trend

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感觉还挺准的,虽然我还真不知道12年那里出现了啥

我有点怀疑他是某个组的学生

草 他说了句是我老板的一个东西,怀疑对了

Research Rabbit导出Bib,zotero直接import nib,然后右键find available PDF

看论文

  1. 看intro和con知道他在讲什么

  2. 看TOC知道我们应该看那一部分

  3. 如果Ref是用数字引用的,几乎可以通过看Ref看出来这篇论文在讲什么。看他们Intro引用了什么你用引用啥的

读东西一定要写东西,consume一定要produce

写论文

Digital Gardern,

用思源笔记来写Ano. B, 想他们会怎么用,直接在Obsidian里做链接

榛子真厉害!

Disable Mendely plugin

我把mendely卸载了之后,那个plugin还在word里,搞得word崩溃了好几次,我查了查卸载它还需要在mendeley里卸载,但是我都卸载了???您搁着隔着呢?

查了查,就只能这样了,但是记得要重新安装1.18以上的版本。

真的有点恶心。

MAC to Windows

本来这一篇应该是在回国之后就立刻搞的,但是因为我实在太懒,再加上一直没有动力去搞学术,就搁置了。

问题的情况我自己一直解决不了,发到了zotero forum ,然后得到的答复是我需要在mac下改变路径再用Windows,但是现在我的mac已经没得了...

所以就只能继续使用传统的导入方法,正好整理一下之前的论文,之前的实在太乱了

太久了,先把zotero升级到6.0,然后下了一堆插件

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因为有几个还没适配Version6 比如mdnote 就没安装

然后用import from folder 导入了原来所有在attachement里面的文件 这个过程 我这两千多个要花好久。。。扫描了一整个晚上

另外这里还有一个obsidian的plugin我没弄 也许后面会用到 先放在这里https://github.com/hans/obsidian-citation-plugin

弄完之后全选点邮件 Retrieve metadata from pdf,这个过程注意是只能搞中文的 必须在能够直连google scholar的网络环境下进行,这个功能总体还是挺难用的。